Течение бронхоэктазий продолжительное. С некоторой условностью можно говорить о трех периодах в течение бронхоэктазий. Нередко бронхоэктазия начинает развиваться с детского возраста и в течение многих лет может не давать типичных проявлений. Это первый, бессимптомный или малосимптомный период заболевания. В этом периоде наблюдаются явления нерезко выраженного бронхита.

Следующий период, второй, характеризуется периодически повторяющимися очаговыми пневмониями (бронхоэктатические пневмонии), которые связаны либо с обострением хронического бронхита в районе бронхоэктазий, либо чаще представляют собой обострение хронической интерстициальной пневмонии. Они почти всегда сопровождаются сухими плевритами, начинаясь нередко довольно остро после значительного озноба. Такие пневмонии часто ошибочно принимаются за новое заболевание, трактуются как гриппозные пневмонии. Протекают они большей частью доброкачественно. Повышенная (до 38—39°) температура держится обычно 3—4 дня; при этом увеличивается количество мокроты; иногда во время таких обострений впервые появляется неприятный запах мокроты. С установлением нормальной температуры состояние больных вновь улучшается: вскоре восстанавливается трудоспособность и остается лишь кашель, мало отличающийся от того, который был до обострения.

Наконец третий период является периодом хронического нагноения и хронической интоксикации. Здесь налицо ежедневное выделение значительного количества гнойной мокроты, которая у некоторых больных может приобрести выраженный гнилостный характер. Даже и в этот период заболевания больные сохраняют еще некоторое время удовлетворительное общее состояние, но вскоре начинают выявляться признаки общей интоксикации в виде небольших повышений температуры, похудания, малокровия и понижения работоспособности. Почти всегда имеется вяло текущая интерстициальная пневмония, частые сухие плевриты, но теперь бронхоэктазия может осложниться легочным абсцессом, гангреной, пиопневмотораксом. Может развиться метастатический абсцесс мозга. Сравнительно часто также развивается амилоидоз, обычно раньше всего поражающий селезенку, печень. Почти одновременно развивается амилоидоз почек; появление значительной альбуминурии и больших отеков указывает на присоединение к амилоидозу липоидного нефроза. Среди заболеваний, заканчивающихся амилоидно-липоидным нефрозом, бронхоэктазия занимает одно из первых мест.

У некоторых больных конечный период заболевания протекает под видом хронического бронхита, эмфиземы и недостаточности кровообращения.